علامت شاخص شقاق مقعد، درد شدید و خونریزی، موقع اجابت مزاج است. خونریزی معمولاً روشن بوده و بصورت رگه ای روی مدفوع دیده میشود. گاهی بیمار تا ساعتها بعد از اجابت مزاج از درد و اسپاسم مقعد رنج می برد. در معاینه فیزیکی، با کنار زدن دو طرف باسن ممکن است، شقاق دیده شود اما اگر دیده نشد، دلیل عدم وجود این بیماری نمی باشد. معمولاً درد بیمار، آنقدر شدید است که امکان معاینه انگشتی رکتوم و یا رکتوسکوپی وجود ندارد. در صورتیکه شکی در مورد تشخیص وجود دارد و یا احتمال بیماریهای دیگر مانند آبسه پری آنال وجود دارد بهتر است بیمار زیر بیهوشی معاینه شود.

شقاق حاد خود را بصورت یک زخم خطی نشان می دهد. اما شقاق مزمن زخم وسیعتری است که لبه های برجسته دارد و فیبرهای سفید عضله اسفنکتر داخلی در کف آن دیده میشود. اغلب در سمت خارجی این زخم یک منگوله پوستی( Skin tag) و در سمت داخلی آن یک پاپیلای مقعدی هیپرتروفیه( sentinel pile) یا زائده نگهبان دیده میشود.